在前作中，索拉为了世界和平，不得不抛下迪士尼城国王（米老鼠）以及好友莉可而将门关上。不过关门前国王说会找到光之门逃脱的，因此索拉与唐老鸭和高飞狗踏上寻找国王与莉可的旅程。途中索拉他们遇上不知名的神秘黑衣人，引导他们到达一座神秘城堡，而国王与莉可也曾经到过这栋城堡。索拉在城中发现关於旅行目的之重要关键，可是却开始失去记忆…… 一年後，在不是白天也不是晚上的曙光镇（Twilight Town），故事从一位少年身上再度展开。神秘组织 XIII 机关、再度来袭的危机，最後等着索拉的究竟会是……？
为了见到求婚对象，「夏贝特」登上游艇开始了航程。 虽然在出港後，浓雾一瞬间就包裹住了整个游艇，但回想起船员曾说过「没有理由就不会被幽灵船抓走，所以不用害怕」这样的话，夏贝特便放心地睡了过去。但不知为何，夏贝特却在一艘奇怪又陌生的船里和臭名昭着的海盗「格拉尼塔」一起睁开了双眼。 就这样，她遇见了她一生中最大的苦难… 「那个海盗船长居然是这样的胸…这样的人，都没有人告诉过我啊好胸！」 啊，当然遇见苦难出了大事儿的是格拉尼塔那边。 ONLY LADY LOVER夏贝特与隐藏着秘密的格拉尼塔二人的幽灵船生存记会如何发展呢？
